Upaya untuk merealisasikan visi madrasah disusun dalam misi sebagai berikut:
1. Menyelenggarakan pendidikan untuk menyiapkan generasi muda berkualitas, berprestasi, beriman dan bertakwa;
2. Mewujudkan keseimbangan Intelektual (IQ), Emosional (EQ) dan Spiritual (SQ).
3. Meningkatkan pengetahuan siswa sesuai perkembangan informasi dan teknologi dunia pendidikan;
4. Mewujudkan MA Al-Azhar sebagai Madrasah yang unggul dalam penyesuaian komunikasi verbal Arab dan Inggris.
5. Menyiapkan siswa berkompetisi secara sehat di masyarakat pada jenjang yang lebih tinggi, maupun di dunia usaha dan industri.